淮安府署的建筑历史可以追溯到南宋时期，现存衙门原为南宋五通庙，元为沂郯万户府。明洪武元年，知府范中以元淮安路总管府府署(现漕运总督部院处)加以修葺为府署。洪武三年，新任淮安知府姚斌在城中选址，结果选中了上坂街以北南宋五通庙和元沂郯万户府，便加以修建改造，作为淮安府的新府署，一直沿用到清末。
辛亥革命后，淮安府署为淮安县政府所在地，解放后一直为工厂占用。
改革开放后，江苏经济飞速发展，淮安作为全国历史文化名城，文化的保护与利用已集重彰显。 到目前，经过保护性的修缮和周遍环境美化，淮安府署与其前方的总督漕运部院、镇淮楼连为一体，已成为国内较大的古代官衙景区，雄居古城中心。
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